元中统元年（1260年）十二月，忽必烈封吐蕃萨迦的八思巴为“国师”，授玉印，命其统领天下释教。
至元元年（1264年），忽必烈派八思巴兄弟回西藏主持建立西藏行政体制，除赐给八思巴珍珠诏书外，忽必烈决定在中央政府中设立一个将管辖佛教和藏族地区事务结合起来的特别机构，这就是总制院。这时总制院的职责偏重于佛教事务，兼治吐蕃事务是因为国师掌管藏族地区事务的缘故。
八思巴印
至元二十五年（1288年）十一月，尚书右丞相兼总制院使桑哥，以总制院统领吐蕃各宣慰司军民财谷，责任甚重，宜加崇异，奏请用唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典，改名为宣政院。灭宋后，即置江南释教都总统。至元二十八年（1291年），又分设行宣政院于杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置。吐蕃发生变乱，亦设行宣政院前往当地处置，唯重大军事行动需与枢密院商议。诸路、府、州、县置僧录司、僧正司、都纲司，为宣政院下属地方机构，管理各地佛寺、僧徒。
至大四年（1311年），罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断。
至顺二年（1331年），复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。
元统二年（1334年），宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。
至正二年（1342年），又附设崇教所，治理僧俗庶务。若遇地方蕃寇起事，则于其地设行宣院担任讨伐事宜，平息后则废止。
宣政院辖地
机构由来忽必烈在汉地立国建都后，仍然十分注意保持和发展蒙古民族的语言和文化。中统元年（公元1260年）十二月，忽必烈封吐蕃萨迦的八思巴为“国师”，命八思巴率领一些吐蕃语言文学者重新创制蒙古文字。至元六年（公元1269年）二月，新字制成，由忽必烈正式颁行，并加八思巴为“帝师”、“大宝法王”，统领全国佛教。朝廷立总制院，管领佛教僧徒及吐蕃境内事务，仍以“帝师”八思巴统领之。《元史·百官志三》载：“至元二十五年（公元1288年），因唐制吐蕃来朝见於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二员，同知二员，副使二员，经历二员，都事四员，管勾一员，照磨一员”。院使由朝廷命官任领。吐蕃有事，另设分院往治。宣政院的官员，僧俗并用，是元朝设立的一个特殊机构。它既是管理全国佛教的事务机关，又是直接统领吐蕃的政务和军事。元明宗天历二年（公元1329年），罢功德使司归宣政院。设置院使10员，从一品，同知2员，正二品，副使2员，从二品。
历史评价藏学学者陈庆英：宣政院是一个常设的中央管理机构，是元朝在中央政府中设置的掌管全国佛教事务以及藏族地区军民之政的特殊机构。由于职掌的特殊性，从用人、奏事等方面而言，它成为与中书省、枢密院、御史台并列的四大军政系统之一，这在元朝以前是没有过的。
中国藏学研究中心历史研究所所长张云：宣政院，以及它的前身总制院，上承唐代之旧，下启明清之新，在历代中央政府的治藏机构中，也是颇具特色的一个，值得深入研究。
历任主官任职时间姓名备注至元二十五年（1288年）—至元二十八年（1291年）桑哥至元二十八年（1291年），桑哥被处死。至元二十五年（1288年）—？脱因与桑哥同为院使，卸职时间不详。？—？暗普暗普任职及卸任时间无明确记载，至元三十年（1293年）前在任。约至元二十五年（1288年）—大德八年（1304年）答失蛮大德八年（1304年）去世。元贞元年（1295年）/元贞三年（1297年）—泰定二年（1325年）陈苹泰定二年（1325年）去世。部门设置
宣政院，秩从一品，用三台银印。
宣政院设置之初置院使二员、同知二员、副使二员、参议二员、经历二员、都事四员、管勾一员、照磨一员。至元二十六年，置断事官四员。二十八年，增佥院、同佥各一员。元成宗元贞元年（1295年），增院判一员。成宗大德四年（1300年），罢断事官。武宗至大初，省院使一员。英宗至治三年，置院使六员。文宗天历二年（1329年），罢功德使司归宣政院，定置院使一十员，从一品；同知二员，正二品；副使二员，从二品；佥院二员，正i品；同佥三员，正四品；院判三员，正五品；参议二员，正五品；经历二员，从五品；都事三员，从七品；照磨一员，管勾一员，并正八品；掾史十五人，蒙古必阁赤（蒙语，书记人员）二人，回回掾史二人，怯里马赤（蒙语，口译人员）四人，知印二人，宣使十五人，典吏有差。[1]
