1、性质不同：农村商业银行是股份有限公司区域金融机构，农村信用社是股份合作制企业的地方金融机构。2、发起人不同：农商行是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构，目前一般都是由有一定实力的企业发起成立；而农村信用社是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构。
农村商业银行，是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构；农村信用合作社指经中国人民银行批准设立、由社员入股组成、实行民主管理、主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构。农村信用社是独立的企业法人，以其全部资产对农村信用社债务承担责任，依法享有民事权利。其财产、合法权益和依法开展的业务活动受国家法律保护。其主要任务是筹集农村闲散资金，为农业、农民和农村经济发展提供金融服务。
农信社最早的时候是在德国出现的，而我国的第一个农信社是1923年在河北成立的香河县农村信用合作社。第一家农村信用合作社成立的契机是因为当时的中国处于水深火热之中，政府不再能够调控稳定经济。因此国内外爱国人士成立了华洋义赈团，成立了中国第一家农村信用合作社。这时候的合作社因为其自救互助的性质，在中国产生非常大的反响。此后，农信社如雨后春笋般在中国遍地开花。
农信社和农商行最明显的就是产权制度的区别。农村信用社，指经中国人民银行批准设立、由社员入股组成、实行民主管理、主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构。农村信用社是独立的企业法人，以其全部资产对农村信用社债务承担责任，依法享有民事权利。其财产、合法权益和依法开展的业务活动受国家法律保护。其主要任务是筹集农村闲散资金，为农业、农民和农村经济发展提供金融服务。
