1912年2月12日，宣统退位到1924年被冯玉祥将军赶出宫的12年间，溥仪以及清朝遗留下的老太妃太嫔一直住在紫禁城中，他的大婚也是在紫禁城中举行。在这12年间，故宫中的文物理论上来讲一直保存在故宫。但是，由于国民政府给宣统小朝廷的钱，是远不足以维持小朝廷奢靡的生活的。
溥仪一直在利用自己的亲信，溥杰等人变卖紫禁城中历朝历代留下的文物，维持生计，心情好的时候也会随手拿紫禁城中的宝贝赏给自己的亲信。由于监管不善，太监宫女们偷盗成风，在这几年间流失到市场的文物不计其数。
最让人心痛的是1923年6月26日晚九点，紫禁城西北的建福宫突然起火，大火烧毁了静怡轩，延春阁，吉云楼等建福宫主要建筑，建福宫建筑群内的百年古木一并烧毁。该建筑群内原藏的大批珍贵字画，古玩，珍贵佛造像，唐卡，法器等全部烧毁。建福宫内还藏有乾隆年间各国各省进供的奇珍异宝不计其数，全部为封箱保存，嘉庆到宣统年间几乎从未打开过。建福宫的烧毁，损失无法估量。这件事情的起因据称是，溥仪下令追差建福宫文物失窃事件，太监宫女们为了毁灭罪证，放火烧毁痕迹所致。
1924年11月5日，溥仪小朝廷被冯玉祥手下鹿钟麟驱逐出宫，由于只给了半天收拾东西的时间，溥仪出宫虽带走一部分金银细软，随身字画被，但其实仓促间并未带走多少文物。11月7日，清室善后委员会成立，开始制定详细的计划，对紫禁城内的文物一一登记造册。
直到1926年4月5日才点交完毕，现在故宫所藏的一些文物标签还能见到清室善后委员会的痕迹。1925年10月10日，故宫博物院成立，现在10月10日也是故宫博物院的院庆日。从清室善后委员会成立到抗日战争，一直有完备的组织机构在管理着故宫博物院的文物，此时也已有了专业的修复机构，举办展览部门，典章保管部门等。
抗日战争时期，山海关失陷后，故宫主要文物紧急装箱，南迁。先后分三批， 走三条不同的路线，12年间，分别辗转到达大后方，四川巴县，乐山，峨眉县。搬不走的大件文物，玉山，铜缸等留在紫禁城，由未南下的故宫职工看守。
在文物南迁的过程中，老一代故宫人，经历了炮火连天，动荡不安的时局，冒着生命危险，安全的把珍贵的文物运到了大后方。解放战争后期，国民党把一部分文物运到了台湾。故宫南迁文物共16698箱，抗日战争后全部运到南京，国民党运到台湾2972箱，剩余文物除2221箱至今还在南京库房外，已全数运回紫禁城。
留在故宫的大体量文物，也都完好的保留到了解放后。现在故宫游览路线中的一部分铜缸上，是当时日本人运到了天津塘沽港口，准备运到日本做武器，但还没运走就投降了，于是又运回了故宫
