1谨慎性原则在实际运用中缺乏可操作性
谨慎性原则自身带有比较强烈的倾向性，它只是针对某一时间区间而非整个会计期间，它对某些会计事项的处理缺乏一个客观的标准，例如，对资产减值准备的计提时间没有一个统一的规范，仅要求相关单位定期或至少于每年年度终了对拥有的资产进行检查，正确预计将要发生的损失，为实际操作带来一定的困难，同时，由于准则允许企业根据实际情况认定资产可能发生的减值迹象，并且减值准备的计提比例不规范，会增加会计核算的随意性，使谨慎性在实际运用中缺乏可操作性。
2企业利用谨慎性原则人为操纵利润
企业出于粉饰经营业绩、逃避税收等目的扭曲财务状况，自行决定谨慎性原则的取舍，对企业利润进行操纵，导致财务报表所反映的会计信息丧失可靠性和相关性，不利于投资者和债权人根据公司的财务状况、经营成果等信息做出正确的决策。例如，科龙电器正是利用会计政策，调节减值准备，实现“扭亏”，科龙电器通过计提资产减值准备使它2001年的年报出现净亏损，然后于2002年重新转回各项减值准备，最终得以扭亏为盈，达到企业不退市的目的。
3与新会计准则中的其他会计原则冲突
谨慎性原则是确认预计可能的损失而忽视预计可能的收益，易造成企业少计资产和收入，多计负债和费用，使利润得不到真实的反映，从而违背可靠性的原则。在谨慎性下，企业提前确认了预计未来可能产生的损失和费用，与权责发生制的规定相背离。谨慎性要求尽量在当期确认预计的费用和损失，延后确认预计的收入和利得，这实质上是对损益的不对称核算，不符合收入与成本费用相配比的原则。
4受会计人员业务素质和职业判断力的影响较大
谨慎性原则在实际运用中需进行恰如其分的估计，很大程度上依赖于从业人员的职业判断，例如，确定坏账准备和减值损失的计提策略和计提比例，确定各项或有损失等都需要会计工作者利用其丰富的经验和较高的专业素质做出相应的判断和估计，如果进行了不当的主观判断，就会造成会计信息失真，谨慎性原则被滥用。
5与某些税法规定存在不协调
在核算不确定性事项上，该原则本质上会造成多确认损失费用，少确认利得收入，必定会减少企业应缴纳的税款，这显然不符合税法的规定，谨慎性在实际运用时需要会计工作者在或有事项上做出必要的职业判断，而税法则依照“据实扣除”的原则对所得税税前费用进行扣除，谨慎性要求对有减值迹象的所有资产提取减值准备，而税法要求只有在减值真正出现时才能予以确认，税法对谨慎性原则是持否定态度的，限制了谨慎性在工作中的运用。
