vcf是什么意思
vcf意思介绍如下：VCF全名Visual Component Framework，中文名可视化组件框架，是一个C++编写的开源项目。文件扩展名outlook中的联系人，可以复制粘贴到outlook的联系人当中，发信时是联系人的地址。The Visual Component FrameworkThe Visual Component Framework is an advanced C++ application framework that makes it easy to produce powerful C++ applications. The framework is a based on a thoroughly modern C++ design and has built in support for Rapid Application Development (RAD). The framework is designed to be portable over multiple platforms and compilers, so you don't have to lose all that work that went into writing your app for a single platform!在这里先把我这两天的学习体会记录一下。程序框架库应该可以算是系统级软件，它提供给用户一种相对固化的编程方式，进而简化系统编程。想想最开始在Win3.1下使用SDK开发程序的日子，我们真的应该感谢编出这些框架库的英雄们。最早且最流行的框架库应该是Borland公司的OWL库（早期的Borland公司推出的每一样东西都是极品）。再后来也是最流行的框架库就是MFC了，C++Builder中的VCL库也是非常有特色的。最能评价MFC和VCL的好坏的人，应该是侯捷，他分别写了《深入浅出 MFC》和《深入浅出VCL》，对每个库的分析都是非常不错的。随着计算机技术的发展，越来越多的人们对计算机的熟悉，框架库的数量和类别也越来越多，及外延也越来越广，以至于在某时，我们不知道某个库算不算框架库。就象前几天分析的WTL（它也变成开源项目了），以及名声在外的STL、BOOST、WXWINDOW等。他们也应该属于框架库吧。
什么是VCF？
什么是VCF文件：全称“The variant call format”，变体调用格式，是一种用于存储DNA多态性数据如snp、插入、删除和结构变体和丰富注释的通用格式。
什么是VCFtools：VCFtools是一个软件套件，它实现了处理VCF文件的各种工具，包括验证、合并、比较，还提供了一个通用的Perl API。
VCF格式：由标题部分（header）和数据部分（Body）组成。标头包含任意数量的元信息行，每一行都以字符' ## '开头，用TAB键分隔开的字段定义行（field definition line）以单个' # '字符开头。元信息头行提供了数据部分中使用的标记和注释的标准化描述。
字段定义行（field definition line）强制有八个列，相应的数据列代表
染色体 chromosome (CHROM)；
基于1的位置开始的变体 a 1-based position of the start of the variant (POS)；
变体的惟一标识符 unique identifiers of the variant (ID)；
参考等位基因 the reference allele(REF)；
替代非引用等位基因的逗号分隔列表 a comma separated list of alternate non-reference alleles(ALT)；
phred-scaled质量分数 a phred-scaled quality score(QUAL)；
网站过滤信息site filtering information (FILTER)；
一个额外的分号分隔的列表和用户可扩展的注释 a semicolon separated list of additional, user extensible annotation (INFO)。
GT，genotype，基因型，将等位基因编码为数字:0表示参考等位基因，1表示ALT列中列出的第一个等位基因，2表示ALT列中列出的第二个等位基因，以此类推。等位基因的数量表明样本的倍性，而分隔符表明相对于其他数据线，等位基因是阶段性的(' | ')还是非阶段性的(' / ')。
PS, phase set，表明具有相同PS值的基因型等位基因排列顺序相同。
DP，读取深度。
GL，genotype likelihoods，给定REF和ALT字段中定义的等位基因集，所有可能的基因型的基因型可能性。
GQ, genotype quality，在位点变异的情况下，基因型调用错误的概率。
