敦煌研究院的前身是1944年成立的国立敦煌艺术研究所，1950年改组为敦煌文物研究所，1984年扩建为敦煌研究院。敦煌研究院是敦煌学研究的科研单位。
也是保护敦煌石窟（莫高窟、榆林窟、西千佛洞）和麦积山石窟、炳灵寺石窟、北石窟寺等其它文物机构的文博单位；是爱国主义教育基地，也是旅游接待单位。
常书鸿促成了国立敦煌艺术研究所的成立，他视莫高窟为“家”，被誉为“敦煌守护神”，这5个字就镌刻在常书鸿先生的墓碑上。
2017年5月，在庆祝“国际博物馆日”之际，国家一级博物馆授牌仪式近日在北京举行，敦煌研究院成功晋级，成为国家文物局第三批新增的34家国家一级博物馆的其中之一。2019年8月31日，由敦煌研究院等单位联合摄制，赵声良担任学术主持的大型纪录片《莫高窟与吴哥窟的对话》在敦煌国际会展中心首映。该纪录片的首映是第四届丝绸之路(敦煌)国际文化博览会与第九届敦煌行·丝绸之路国际旅行节闭幕式的重要活动之一。
敦煌研究院是我国国内具有广泛影响力的文物保护、管理和研究机构，管理着敦煌莫高窟、西千佛洞、瓜州榆林窟、天水麦积山石窟、永靖炳灵寺石窟、庆阳北石窟寺这6处横贯东西、相距千里的甘肃精华石窟。近年来，敦煌研究院通过石窟和敦煌文献数字、展览、公益讲座等“接地气”的组合式传播方式，使千年瑰宝真正“活”起来、“动”起来，有力推动了让敦煌文化大众化、普及化、--化，目前已成为我国世界文化遗产地保护研究利用的成功典范，得到国际上的广泛认可和普遍赞誉。
