1948年6月1日，于台北市成立“
台湾省通志馆
”，专责办理台湾省通志之纂修。1949年7月，改组为“
台湾省文献委员会
”，分设编纂组、采集组及整理组，以负责本省文献史料的采集、整理、典藏、文献书刊的出版及史志的纂修。1956年，随台湾省政府迁往南投中兴新村。
1958年，改隶台湾省政府民政厅。
1997年7月，改隶台湾省政府文化处。
1999年7月因精省，再度直属台湾省政府。
2002年1月，改隶台湾当局领导人办公室国史馆，更名为“
国史馆台湾文献馆
”2010年配合台湾地区行政机构国科会的中部科学工业园区高等研究园区（中兴新村）开发案，往“台湾历史文化研究园区”方向规划；因应总统、副总统文物管理条例颁布而新增的业务需求，争取成立“总统、副总统文物中部展示中心”。
历任首长台湾省通志馆（馆长）林献堂：1948年6月－1949年7月
台湾省文献委员会（主任委员）林献堂：1949年7月－1950年3月
黄纯青：1950年3月－1954年11月
林熊祥：1945年11月－1960年2月
李腾岳：1960年2月－1963年3月
方家慧：1963年3月－1964年7月
洪樵榕：1964年7月－1966年5月
张柄楠：1966年5月－1977年5月
林衡道：1977年5月－1982年6月
江庆林：1982年6月－1990年2月
简荣聪：1990年2月－1996年2月
谢嘉梁：1996年2月－1999年9月
杨正宽：1999年9月－2001年12月
国史馆台湾文献馆（馆长）刘峰松：2002年1月－2002年10月（代理馆长）；2002年11月－2006年7月
谢嘉梁：2006年7月－2009年7月
林金田：2009年7月－2011年8月
张鸿铭：2011年8月－现任
组织架构馆长
副馆长
主任秘书
行政部门采集组
整理组
编辑组
秘书室
会计室
人事室
政风室
馆区台湾历史文化园区占地约2.5公顷，除有文献大楼、文物大楼与史迹大楼三栋特色建筑物，还有户外空间。
文物大楼位于台湾历史文化园区正中位置，外观采巴洛克式建筑，楼层分地上四层，地下一层，总面积约 19,590平方米。行政中心设于本栋，并保存、典藏台湾常民生活文物，约有30,000余件。依使用机能区分，一至三楼共有六个常设展示室，三个特展室：
常设展示室台湾的历史与文化导论
台湾的民俗特色
日常生活起居
台湾民间工艺文化
生命的过程以及
民间信仰、祭仪、艺能、戏曲
特展室福尔摩沙室
第二特展室
蓬莱乡情室
文献大楼台湾历史文化园区右侧，于1992年落成启用；地上四层，地下一层，建筑采闽南式建筑；总楼地板面积5,662平方米、约1,700坪。
史迹大楼台湾历史文化园区左侧，地上五层，地下一层，采清朝北方宫殿式建筑，总楼地板面积10,596平方米。
史前遗址、平埔族、“原住民”展示室
荷西、郑氏王朝时期展示室
清领时期展示室
日据－战后时期展示室
台湾历史重要人物事件展示室
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预约制台湾“国史馆”近日宣布，将拒绝大陆及港澳地区学者调阅馆藏资料，台湾人士也从随到随查改为提前申请。“国史馆”藏有大量国民党从大陆带去的珍贵民国史料。民进党一上台，新馆长马上政治挂帅，歧视对待大陆及港澳学者，给岛内学者添堵，为的是阻碍两岸学术交流，更是要使岛内民国史研究降温，以遂“文化台独”之志。
拒大陆学者调阅馆藏资料
台“国史馆”近日拿出新规，最快从9月下旬开始，将以所谓“平等互惠原则”为由，拒绝大陆及港澳地区学者调阅馆藏资料；若是台湾人士，则改为申请预约制，申请需提前15天，30天内回复。
对此新规，“国史馆”新任馆长吴密察给出的理由是，对调阅档案与阅览对象设限是“回归法制”。他表示愿意推动解套，以“平等互惠原则”，与南京的中国第二历史档案馆进行“机关与机关”的档案交换阅览。
“你不给我看，我也不给你看。”吴密察似乎是这个意思。然而，无论南京的中国第二历史档案馆还是大陆其他学术机构，都没有特别禁止台湾地区人士调阅资料的规定。南京中国第二历史档案馆固然有部分资料属于机密，尚未开放查询，但内外一视同仁，台湾学者不能查，大陆和其他国家、地区学者也不能查。
大陆各级图书馆都对台湾人士开放。吴密察作为一名历史学者也曾多次赴大陆交流，对此心知肚明，却揣着明白装糊涂，给大陆扣上“你不给我看”的罪名，进而大开倒车，专门针对大陆和港澳人士制定歧视性规则，背后显然是浓浓的意识形态，“平等互惠”云云，纯属借口。
台湾“中研院”近史所研究员朱浤源表示，台“国史馆”限制陆港澳学者，就是“政治理由而非行政理由”。“国史馆”过去也都依照全球学术机构惯例，资料对全球开放，但现在似乎借行政理由刻意限制大陆和港澳学者，这是“国史馆在搞政治”。
