行政公署制度产生于抗日战争和解放战争时期，几经变化。
中华民国时期的
省级体制
是省管县
，行政公署是中华民国时期的行政督察区的“行政督察专员公署”的简称，行署是省级政府的督察性派出机关，专员是派出员而且是督察职能，行署只是一种片区性质的督察类协管，不属于一级政府，没有政府体系即政府的一般职能部门；中华人民共和国时期，与行署概念相关 但设立的是专区（后来改名为地区），各职能部门（行政管理体系）几乎没变，只是自主权多了一些。抗日战争和解放战争时期，中国共产党在革命根据地建立的行政公署是地方政权机关，如胶东行政公署等。
中华人民共和国成立初期建立的行政公署，是相当于省级的地方政权机关，如皖南、皖北、苏北、苏南、川东、川西等人民行政公署，1952年撤销。
1954年《地方组织法》规定，省人民政府在必要时，经国务院批准，可以按地区设立行政公署，作为自己的派出机关，由行政专员和副专员领导工作。
1967年-1971年，专区逐渐改为地区，作为“地区行政专员公署”的简称，成为正式的机构名称。
1978年修改通过的《中华人民共和国宪法》规定，省革命委员会可以按地区设立行政公署，作为自己的派出机构。由任命产生的专员和副专员代表省革命委员会指导所属行政区内若干县一级人民政府的工作。
1982年修改通过的《中华人民共和国宪法》对省级人民政府的派出机关未作规定，但该年修改通过的《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》规定，省、自治区的人民政府在必要时，经国务院批准，可以设立若干行政公署，作为它的派出机关。其任务是代表省、自治区的人民政府督促、检查、指导所属县、市、自治县人民政府的工作，并办理上级人民政府主管部门交办的事项。该制度延续至今。
20世纪80年代以来，许多省、自治区实行市地合并改革，采用市管县的体制，行政公署逐渐减少。
现存的截至2017年10月，中华人民共和国尚存的行政公署：
机构名称
所属地区
所属
省级行政区设立日期
行政公署驻地
大兴安岭地区行政公署大兴安岭地区黑龙江省1970年4月加格达奇区阿里地区行政公署阿里地区西藏自治区1979年2月噶尔县阿克苏地区行政公署阿克苏地区新疆维吾尔自治区1968年9月阿克苏市喀什地区行政公署喀什地区新疆维吾尔自治区1968年9月喀什市和田地区行政公署和田地区新疆维吾尔自治区1968年9月和田市曾经的
已撤销的地区行政公署
地区名称
设立及撤销日期
撤销方式
备注
河北省
唐山地区1968年－1983年3月并入唐山市；析设地级秦皇岛市天津地区 廊坊地区1968年－1973年12月 1973年12月－1988年9月改设地级廊坊市1973年12月天津地区改称廊坊地区石家庄地区1967年11月－1993年6月并入石家庄市邯郸地区1968年－1993年6月并入邯郸市已撤销的盟行政公署
1983年10月，经国务院批准，撤销昭乌达盟行政公署建制，设立地级赤峰市。新设立的赤峰市辖红山区、松山区、元宝山区、阿鲁科尔沁旗、巴林左旗、巴林右旗、克什克腾旗、翁牛特旗、喀喇沁旗、敖汉旗、林西县、宁城县。
1999年1月，经国务院批准，撤销哲里木盟行政公署建制，设立地级通辽市。新设立的通辽市辖科尔沁区、开鲁县、奈曼旗、库伦旗、科左后旗、科左中旗、扎鲁特旗、霍林郭勒市。
2001年2月，经国务院批准，撤销伊克昭盟行政公署建制，设立地级鄂尔多斯市。鄂尔多斯市辖东胜区、鄂托克旗、乌审旗、达拉特旗、杭锦旗、鄂托克前旗、伊金霍洛旗、准格尔旗。
2001年10月，经国务院批准，撤销呼伦贝尔盟行政公署建制，设立地级呼伦贝尔市。呼伦贝尔市辖海拉尔区、阿荣旗、莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治旗、鄂温克族自治旗、陈巴尔虎旗、新巴尔虎左旗、新巴尔虎右旗、满洲里市、牙克石市、扎兰屯市、根河市、额尔古纳市。
2003年12月，经国务院批准，撤销乌兰察布盟行政公署建制，设立地级乌兰察布市。乌兰察布市辖集宁区、四子王旗、察哈尔右翼前旗、察哈尔右翼后旗、察哈尔右翼中旗、化德县、商都县、兴和县、卓资县、凉城县、丰镇市。
2003年12月，经国务院批准，撤销巴彦淖尔盟行政公署建制，设立地级巴彦淖尔市。巴彦淖尔市辖临河区、五原县、乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗、磴口县、杭锦后旗。
