2018年10月，为贯彻落实中办、国办印发的《福建省机构改革方案》（以下简称《方案》），福建省委办公厅、省政府办公厅印发《福建省省级机构改革实施方案》（以下简称《实施方案》），推动各项改革任务落地见效，福建省海洋与渔业局组建成立。
2018年10月26日，福建省海洋与渔业局正式挂牌。
主要职责（一）贯彻执行海洋经济与渔业发展的有关法律法规和政策，起草福建省海洋经济与渔业发展有关地方性法规、政府规章草案，拟订海洋经济和渔业发展有关政策、规划并组织实施。
（二）协调推进福建省海洋经济发展，开展海洋经济试点示范工作。会同有关部门提出优化海洋产业结构、调整产业布局的建议，指导推动渔业产业结构、产业布局调整。协调海洋战略性新兴产业、休闲渔业等相关产业的发展。
（三）推动海洋经济科技创新，负责海洋经济运行监测、评估及信息发布等。
（四）负责编制海洋经济和渔业渔政有关投资项目建设规划，提出相关投资项目需求和财政项目安排建议，并组织指导实施。
（五）组织实施海洋与渔业有关标准、技术规范和节能减排，指导渔业标准化生产。按分工提出海洋与渔业有关科研、技术推广项目建议，承担有关重大科研、技术推广项目的遴选及组织实施工作。指导水产技术推广体系建设。
（六）依法监督管理水产品质量安全、水产养殖用兽药及其它投入品的使用。指导水产品加工流通。承担渔业统计监测工作。
（七）组织实施水域滩涂养殖证制度，指导水产健康养殖。组织水产养殖污染防控工作。负责水产苗种管理。承担水生动物防疫检疫相关工作，组织水生动植物病害防控工作。
（八）组织实施渔业捕捞许可制度。负责渔船、渔机、渔具监督管理，组织渔船装备更新改造。监督管理远洋渔业，推动远洋渔业发展。
（九）负责渔业资源、水产种质资源和水生野生动植物的保护管理和合理开发利用。组织实施休渔禁渔制度，指导水生生物资源增殖。组织开展水生野生动物资源调查和评估，研究提出地方重点保护的水生野生动植物名录调整意见。负责水产种质资源保护区和水生野生动物栖息地相关工作。按规定承担生态环境保护相关工作。
（十）承担福建省渔港监督管理职责，负责渔业航标、渔业船员、渔业通讯管理，组织渔船渔港管理信息系统建设。承担维护渔业生产秩序，指导监督渔业执法工作等职责。指导渔业行政执法队伍建设。
（十一）指导渔业安全生产。负责渔港、渔业船舶（含休闲渔业船舶）安全监督管理。承担职责范围内的渔业应急处置和渔业安全生产事故调查处理工作。参与渔船涉外涉台事件处理，承担渔事纠纷处理工作。
（十二）负责海洋、渔业防灾减灾工作。负责海洋观测预报和海洋灾害预警报。组织海洋灾害影响评估和灾后生产恢复工作。
（十三）按分工会同有关部门组织开展海洋、渔业对外以及对台港澳有关经济、技术交流与合作。
（十四）负责加强本系统、本领域人才队伍建设。
（十五）完成省委和省政府交办的其他任务。
（十六）职能转变。省海洋与渔业局要加强对海洋经济发展的协调，推进实施海洋强省战略，加强海洋经济发展规划，统筹协调推进福建省海洋经济发展。加快转变渔业发展方式，提升利用国际国内两种资源两个市场的水平，加快渔港经济区建设，促进渔业产业振兴。强化水生生物资源养护，强化渔政渔港监督，促进渔业生态良性发展。
（十七）有关职责分工
1．与省农业农村厅有关职责分工。在动物诊疗机构管理方面，省农业农村厅负责动物诊疗机构监督管理，省海洋与渔业局会同省农业农村厅负责监管专门从事水生动物疫病诊疗机构。在兽医管理方面，省农业农村厅负责统一组织、指导执业兽医的资格考试并负责官方兽医和执业兽医监督管理，省海洋与渔业局负责渔业官方兽医、执业兽医的队伍建设和监督管理。在水生动物苗种检疫方面，省海洋与渔业局会同省农业农村厅负责制订水生动物苗种产地检疫技术规范。在渔用兽药管理方面，省农业农村厅统一负责兽药监督管理工作；省海洋与渔业局负责推荐参与渔用兽药评审的渔业领域专家，参与制定水产养殖允许使用、禁止使用药物及水产养殖处方药目录，组织、指导水产养殖中的兽药使用、兽药残留检测和监督管理以及违法用药的行政处罚。在饲料和饲料添加剂监管方面，省农业农村厅负责饲料和饲料添加剂（含畜禽和水产饲料及其添加剂）在生产和经营环节的监督管理，并负责畜禽饲料及其添加剂在养殖投入使用环节的监督管理；省海洋与渔业局负责水产饲料及其添加剂在养殖投入使用环节的监督管理。
2．关于野生动植物保护职责分工。省住房和城乡建设厅负责城市园林内野生植物的监督、管理工作；省海洋与渔业局负责水生野生动物资源的保护、管理；省林业局主管陆生野生动物资源的保护工作，主管林区内野生植物和林区外珍贵野生树木的监督、管理工作；省农业农村厅负责其他野生植物资源的监督、管理工作。
3．关于野生中药材管理职责分工。省卫生健康委员会牵头负责野生中药材资源保护工作；省林业局、省海洋与渔业局等部门依法履行职责，协同做好野生中药材资源保护工作。[3]
