农垦实行“一套班子、两块牌子”管理，按照生产经营职能与社会管理职能相分离的原则，打破场域限制，实施区域整合，组建了沙湖、贺兰山、西夏王3个实业公司，推进集团公司由管理型企业向生产经营型集团转变。农垦事业管理局是自治区参公管理的厅级单位，享有地级市的部分经济管理权限，履行社会、行政管理及国有资产监管职能；农垦集团主要负责生产经营，现已发展成为产、加、销一体化和贸、工、农一条龙的行业体系，企业总资产97.05亿元，位列全区百强企业第14位，是目前全区最大的现代农业企业。培育了1个国家5A级沙湖旅游景区和2个国家级、7个自治区级农业产业化龙头企业，形成了酿造、畜牧水产、果蔬三大农产品加工产业集群；建设了沙湖水镇、贺兰山农牧场等10个农场场镇，其中：2个被列为全区10大特色小城镇，4个先后评定为新农村建设先进单位；建成了一批国家级和自治区级现代农业示范基地和科技示范园区，培育了七大优势产业；成功打造出“西夏王”、“沙湖”、“贺兰山”等十大自治区品牌；沙湖旅游、西夏王葡萄酒、南梁富硒枸杞、“双丰”供港菜等一批名优产品走出了宁夏，并多次获得国际国内大奖。
长期以来，宁夏农垦始终以较高的机械化水平和科技化水平成为全区农业先进生产力的代表，肩负着自治区保障农副产品供给、引领示范现代农业等重要职能，实现了用占全区3.4%的耕地、2.05%的农业劳动力，提供了全区10%以上的商品粮；年向社会提供牛奶10万吨；每年向港澳及南方地区提供优质菜12万吨；“灵农”鲜猪肉连锁店发展至55个，是老百姓公认的“放心肉”和安全食品等。农垦已真正成为自治区重要的“菜篮子”、“米袋子”和禽肉蛋奶油基地，成为全区现代农业的“国家队”、“排头兵”，在全区经济发展和社会进步中发挥着不可替代的重要作用。
2022年9月19日，据全国党媒信息公共平台消息，宁夏农垦集团昨天（9月18日）与宁波市商贸集团签订合作协议，双方在小龙虾产业、供应链合作、文旅产业开发等方面深度合作，发挥各自领域优势，实现互利共赢。[4]
公司规模内设机构办公室（督查室、信访办）
人力资源部（党委组织部）
纪检监察部
群工部（工会、宣传文化部）
发展规划部
资产管理部
财务管理部
政策研究和法律事务部
农业发展部（农场事业部）
企业管理部（服务业事业部）
市场开发部（酒业事业部）
现代牧业事业部
安全生产和质量监管部
审计部
董事监事工作部
移民办公室
直属子公司宁夏农垦贺兰山奶业有限公司
宁夏西夏王葡萄酒业有限公司
宁夏西夏苑房地产开发有限公司
宁夏农垦贺兰山牛羊产业（集团）有限公司
宁夏农垦长山头农场有限公司（长山头农场）
宁夏农垦渠口农场有限公司（渠口农场）
宁夏农垦巴浪湖农场有限公司（巴浪湖农场）
宁夏农垦连湖农场有限公司（连湖农场）
宁夏农垦灵武农场有限公司（灵武农场）
宁夏农垦玉泉营农场有限公司（玉泉营农场）
宁夏农垦黄羊滩农场有限公司（黄羊滩农场）
宁夏农垦平吉堡农场有限公司（平吉堡奶牛场）
宁夏回族自治区国营银川林场
宁夏农垦贺兰山农牧场有限公司
宁夏枸杞企业（集团）公司（南梁农场）
宁夏农垦暖泉农场有限公司（暖泉农场）
宁夏农垦前进农场有限公司（前进农场）
宁夏农垦简泉农场有限公司（简泉农场）
宁夏农垦贺兰山种业有限公司
宁夏农垦灵农畜牧有限公司
宁夏农垦平吉堡生态庄园有限公司
宁夏农垦勘测设计院（有限公司）
宁夏农垦培训中心有限公司
宁夏农垦大武口建材厂
宁夏农垦硒谷农产品有限公司
控股公司宁夏沙湖旅游股份有限公司
宁夏农垦沙湖农业开发股份有限公司
宁夏农垦田野农资有限公司
宁夏农垦金融控股有限公司
参股公司宁夏西夏嘉酿啤酒有限公司
宁夏宁垦电子商务有限责任公司
宁夏农垦华茂新能源有限公司
宁夏华农清洁能源有限公司
奇正沙湖枸杞有限公司
宁夏夏进昊尔乳品有限公司
酩悦轩尼诗夏桐（宁夏）葡萄园有限公司
宁夏长和翡翠葡萄园有限公司
事业单位宁夏农垦农林牧技术推广服务中心
生态移民管委会
南梁农场生态移民管委会
简泉农场生态移民管委会
社会责任社会公益2021年11月6日，宁夏农垦集团有限公司向吴忠市红十字会捐赠了纯牛奶、水果和自热米饭等物资。[2]
发展历程2022年9月22日，黑龙江省农业投资集团有限公司与宁夏农垦集团有限公司签署战略合作协议。[5]
