麦赫杜姆的子嗣众多(一说为13子或14子；一说为7子)。在争夺谢赫职位的斗争中，第七子伊斯哈格·吾里(为麦赫杜姆第三房夫人比比查·喀什噶里所生)于1580年来到叶尔羌汗国，掌握了喀什噶尔的宗教地盘和委派英吉莎、叶尔羌、和阗等地神秘派首领的权力，被称为和卓家族伊斯哈格系或黑山派、黑帽回等。伊斯哈格有3个儿子：库特布丁、沙赫巴兹和马哈茂德·叶海亚(后以和卓夏迪著称)。沙赫巴兹早年死于阿克苏。伊斯哈格·吾里在南疆活动了12年以后回到撒马尔罕病故。幼子和卓夏迪被指定为在叶尔羌的代理人。但夏迪当时年幼，便由伊斯哈格的忠实好友、著名大贤乌尔图什代行其责。16世纪末至17世纪前期，乌尔图什和和卓夏迪相继担任叶尔羌汗国宫廷的导师。和卓夏迪死于1642年，留下两个儿子：阿卜杜拉和欧拜杜拉。后者有二子：长为舒艾布，次为达尼亚(亦译达涅尔)。
伊禅卡朗系喀什噶尔和卓家族另一支重要支系为伊禅卡朗系或白山派。系和卓麦赫杜姆·阿扎姆的长子马哈茂德·艾敏(以伊禅卡朗著名)的后裔。马哈茂德·艾敏本人未到过新疆，他死后其第四子马哈茂德·优素福于16世纪末来到叶尔羌汗国。他先到了哈密，在那里娶妻生子名希达叶图拉(以阿帕克和卓著称)。1638年，叶尔羌汗国阿卜杜拉即汗位后，优素福父子趁汗位更迭之机来到喀什噶尔。1667年阿卜杜拉之子亦兀勒巴儿思即汗位后，汗国一切事务交由和卓优素福父子管理。1670年，叶尔羌、叶城等地的黑山派举行暴动，杀死亦兀勒巴儿思与和卓优素福，希达叶图拉逃亡中亚，经克什米尔到达西藏。
统治南疆1682年，伊禅卡朗系或称白山派和卓阿帕克勾结准噶尔贵族进入南疆灭叶尔羌汗国，希达叶图拉自称阿帕克和卓(即世界之主)，在南疆建立起依附于准噶尔汗国的以和卓家族为中心的“伊斯兰神圣国家”。他以伊斯兰教“沙里亚法”(即伊斯兰教法)和苏菲派“托勒盖”(即道乘)为依据，借此铲除异己和监禁黑山派信徒。舒艾布被阿帕克和卓诱杀，达尼亚隐居中亚撒马尔罕等地。其后南疆出现两和卓系分治割据的局面，和卓达尼亚趁机返回叶尔羌，重新成为黑山派领袖。达尼亚有5个儿子：阿古柏、阿尤布、优素福、尼扎姆丁(又称哈玛什和卓)和阿卜杜拉。他们各自的子嗣也众多。1713年，准噶尔部策妄阿拉布坦将两系和卓一起拘禁伊犁，到1720年才将权力交给达尼亚及其子嗣。1755～1759年，清朝统一天山南路，伊斯哈格系和卓叛乱失败，从此该派在南疆300多年的统治结束。
重大事件1690年，黑山派领袖舒艾布(即伊斯哈格·吾里重孙)在叶尔羌和喀什噶尔举行了暴动，阿帕克和卓为缓和矛盾，把汗位让与原叶尔羌汗国的后裔穆罕默德·艾敏，而逃亡哈密。之后，阿帕克和卓在准噶尔贵族的支持下重新当政。1695年黑山派在萨迪克和卓领导下在叶尔羌暴动，杀死了阿帕克和卓。阿帕克有5个儿子：长子叶海亚和卓、次子阿卜杜·赛迈德、三子马赫迪和卓、四子哈桑和卓和幼子布喇尼敦。1697年策妄阿拉布坦继为准噶尔部浑台吉后，因故将白山派和卓家族押到伊犁监禁起来，转而支持黑山派和卓达尼亚“掌管喀什噶尔六城”。马哈茂德在伊犁禁锢时，生二子，长曰波罗尼都，次日霍集占，即通常所言大小和卓。1755年清朝平定北疆准噶尔部阿睦尔撒纳的叛乱后，曾将他们二人释放，并扶持他们从黑山派和卓手中夺取南疆，但大小和卓旋又不服清廷，而于1759年反叛。最后为清军所败，大小和卓逃至巴达克山被当地首领素勒坦沙执杀。和卓家族成员大部归附清朝，被安置在北京或内地，只有大和卓波罗尼都第四子萨木萨克被其乳母携带逃往中亚浩罕，并生3子即优素福、张格尔和巴布顶。从19世纪20年代起，萨木萨克父子多次潜回新疆发动叛乱。其中以1826年张格尔纠集安集延、布鲁特等数百人入侵规模为最大。张格尔最后被清军擒获，解至北京处死。从1847～1857年的10年间，张格尔子侄又发动了两次规模较大的叛乱。一次是1847年由迈罗的明(优素福之子)和倭里罕和卓为首的“七和卓之乱”；一次是1857年倭里罕再度叛乱。两次叛乱不久均被清军平定。倭里罕叛乱失败后，白山派和卓家族后裔的复辟活动转化为1865年阿古柏以和卓名义为号召的侵略事件。失败后，喀什噶尔和卓家族势力便退出了活动近3个世纪的南疆历史舞台。
多斯和卓系在喀什噶尔和卓家族中除上述两大对立支系以外，还有麦赫杜姆·阿扎姆的次子多斯和卓系。多斯和卓系麦赫杜姆·阿扎姆的第一夫人所生。按《钦定西域同文志》和《钦定皇舆西域图志》的记载，其世系为：麦赫杜姆·阿扎姆——多斯和卓—一穆斯塔法——乌什和卓——苏莱曼——阿卜杜·拉赫曼——阿卜杜·纳绥尔。据《回疆通志》卷12载，清军平定回部，阿卜杜·拉赫曼、阿卜杜·纳绥尔父子降清，与白山派和卓一起羁留北京，共为“居京师回爵”。
